Une collégienne de 14 ans, Usagi Tsukino découvre qu'elle a été élue pour devenir Sailor Moon, une justicière en costume marin. Sailor Moon n'est pas la seule guerrière, puisqu'on découvre au fil des épisodes et des saisons Sailor Mercury, Sailor Mars, Sailor Jupiter, Sailor Venus et enfin Sailor Chibi-Moon, qui constituent les guerrières du système solaire intérieur (les Inner Senshi). Celles-ci sont guidées par deux chats sachant parler, Artemis et Luna. Plus tard, les guerrières du système solaire extérieur (les Outer Senshi), Sailor Pluto, Sailor Neptune, Sailor Uranus et enfin Sailor Saturn rejoignent le premier groupe. Elles possèdent toutes une identité civile, c'est-à-dire un nom et un prénom leur permettant d'évoluer dans la vie courante. Les guerrières sont toutes originaires du Millénium d'argent, un royaume situé sur la Lune, dans lequel résidaient leurs vies antérieures.
Dans le premier arc narratif (« Bishôjo Senshi Sailor Moon », volume 1 à 4 du manga), Sailor Moon, aidée de ses amies, est chargée de retrouver la princesse de la Lune, l'héritière du trône du Millénium d'argent, mais aussi le Cristal d'argent, une pierre précieuse aux pouvoirs surpuissants. Elles doivent aussi chercher la véritable identité de Tuxedo Kamen (l'Homme masqué) et comprendre s'il est leur ennemi ou leur allié. La reine Beryl, principale « méchante » de cette saison, assistée de ses quatre sbires Jadeite, Nephrite, Kunzite et Zoisite, souhaite elle aussi s'emparer du Cristal d'argent afin de conquérir la Terre et asservir les humains.
Le deuxième arc (« Bishôjo Senshi Sailor Moon R », volume 5 à 7 du manga) est dans la continuité de la première. Il raconte l'histoire de deux extra-terrestres, Alex et Annette, venus sur Terre pour récolter l'énergie des humains qui leur est vitale. Cette saison marque aussi l'apparition de Sailor Pluto et Chibi-Usa, qui s'avèrera être une guerrière nommée Sailor Chibi-Moon ainsi que la fille de Sailor Moon, cette dernière étant venue du futur afin de demander aux guerrières de l'aide pour secourir sa mère en danger dans le Millénium d'argent.
Dans le troisième arc (« Bishôjo Senshi Sailor Moon S », volume 8 à 11 du manga), les dernières guerrières du système solaire font leur apparition : Sailor Neptune, Uranus et Saturn. L'originalité de cette saison réside dans le fait que la principale ennemie n'est autre que Sailor Saturn. La guerrière possède en effet de puissants pouvoirs, notamment celui de détruire la planète. Celle-ci est en fait manipulée par des personnes malintentionnées cherchant à dominer la Terre.
Le quatrième arc (« Bishôjo Senshi Sailor Moon SuperS », volume 12 à 15 du manga) met davantage en scène Sailor Chibi-Moon et sa relation avec Hélios, un jeune homme doté de pouvoirs magiques, qui s'est transformé en Pégase pour dissimuler sa véritable identité. La corne du cheval est en fait le Cristal d'or, un puissant joyau dont cherche à s'emparer Néhélénia, une femme maléfique.
Enfin, le cinquième arc (« Sailor Stars », volume 16 à 18 du manga) a une portée différente puisque la série aborde la galaxie toute entière, alors que l'intrigue des précédentes saisons se confinait aux limites du système solaire. La principale ennemie est ici aussi une guerrière, Sailor Galaxia, qui rêve de conquérir toutes les galaxies de l'univers. Sailor Moon sera aidée par toutes ses amies, mais aussi par trois nouvelles Sailor Senshi venues d'une lointaine planète, Sailor Star Fighter, Maker et Healer. Une étrange et mystérieuse petite fille, Chibi-Chibi, apparaît également dans cette saison.
